《闪乱神乐》的故事舞台是一个如今还存在着忍者的世界，当局为了匹敌政治家与大企业雇佣的“恶忍”，成立的培养“善忍”的“国立半躲学院”中进学的女生们战役的故事。 　　主角由五位性情各别的女忍者构成，她们分袂是飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀，适应了玩家的不同喜好范例。