在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在”纳米学院”中学习和生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、养着一群总是想逃跑的异世界的萌宠，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家表达友好。